RNA, em geral preparado através da transcrição de um
DNA clonado, que complementa-se a um RNAm ou
DNA específico e é geralmente utilizado em estudos de
genes virais, distribuição de um
RNA específico em
tecidos e
células, integração de
DNA virais a genomas, transcrição, etc. Enquanto as
sondas de DNA são preferidas para o uso em nível mais macroscópico para detectar a presença de DNA/RNA de espécies ou subespécies específicas, as sondas de
RNA são preferidas para estudos genéticos. Marcadores convencionais para a
sonda de
RNA incluem sondas de
radioisótopos 32P e 125I e o marcador químico
biotina. As sondas de RNAm podem ser ainda subdivididas por categoria em sondas de RNAm plus-sense, sondas de RNAm minus-sense e sondas de RNAm anti-sense.